R&D 세액공제 신청 절차 총정리｜서류·신고·사후관리 한 번에

R&D 세액공제 신청 절차 총정리｜서류·신고·사후관리까지 한 번에

R&D 세액공제는 받을 수 있는 요건을 갖추는 것보다 신청 절차를 제대로 밟는 것이 더 중요합니다. 📑

실무에서 공제가 누락되거나 추징되는 이유의 상당수는 절차 단계에서의 실수 때문입니다.

 

이 글에서는 2026년 기준으로 R&D 세액공제를 신청하기 위해

기업이 준비해야 할 서류, 법인세 신고 단계, 그리고 사후관리까지 전 과정을 순서대로 정리합니다. 📘

 

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📌 1단계｜R&D 대상 여부 사전 검토

신청 전에 가장 먼저 해야 할 일은 해당 연구가 R&D 세액공제 대상인지 검토하는 것입니다.

✔ 연구 목적 명확성
✔ 기술적 난이도 존재 여부
✔ 단순 유지·보수 여부

이 단계에서 걸러지지 않으면 이후 모든 절차가 무의미해집니다.

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📄 2단계｜연구 과제 정리 및 과제서 작성

연구 과제서는 R&D 공제의 출발점입니다.

다음 요소가 반드시 포함돼야 합니다.

✔ 연구 배경
✔ 연구 목표
✔ 연구 내용 및 방법
✔ 기대 효과

형식적인 문서가 아니라 실제 연구 흐름이 보이도록 작성해야 합니다.

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👥 3단계｜연구 인력 및 참여 비율 정리

누가, 얼마나, 어떤 연구를 했는지가 명확해야 합니다.

✔ 연구원 명단
✔ 직무 내용
✔ 참여 비율

참여 비율은 급여 배분 근거로 활용되므로 합리적인 수준이어야 합니다.

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🧾 4단계｜비용 자료 정리

다음 항목별로 비용을 분류합니다.

✔ 인건비
✔ 재료비·소모품비
✔ 외주·위탁 연구비
✔ 시험·분석비

각 비용은 연구 과제와 연결돼야 합니다.

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🧮 5단계｜법인세 신고서 반영

R&D 세액공제는 법인세 신고 시 반영됩니다.

✔ 세액공제 명세서 작성
✔ 공제 금액 계산
✔ 첨부 서류 제출

신고 단계에서 누락되면 공제를 받을 수 없습니다.

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📂 6단계｜사후관리

공제 신청이 끝이 아닙니다.

✔ 연구 자료 보관
✔ 비용 증빙 관리
✔ 연구 기록 업데이트

사후관리는 미래의 세무조사를 대비하는 과정입니다.

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⚠️ 신청 절차에서 자주 발생하는 실수

✔ 과제서 미작성
✔ 비용 분류 오류
✔ 증빙 누락

이 세 가지만 피해도 공제 실패 확률은 크게 줄어듭니다.

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📘 정리

R&D 세액공제는 제도보다 절차 관리가 더 중요합니다.

사전 검토 → 문서화 → 신고 → 사후관리까지 흐름을 갖추면 공제 안정성이 크게 높아집니다.

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🔜 다음 글 예고

다음 글에서는 「R&D 세액공제와 법인세 신고 연계 전략」을 다룹니다.

신고서 어디에 어떻게 반영되는지 구체적으로 설명합니다. 📊

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📌 2026 R&D 세액공제 전체 흐름 한눈에 보기

이 글은 「2026 R&D 세액공제 실무 가이드」 시리즈 중 하나입니다.
R&D 세액공제의 구조·신청·신고·유지·리스크 관리까지
전체 흐름을 한 번에 보고 싶다면 아래 허브글을 확인하세요.

 

👉 2026 R&D 세액공제 실무 가이드 전체 보기