R&D 세액공제 세무조사 대응 전략｜부인·감액 막는 방법

R&D 세액공제 세무조사 대응 전략｜부인·감액되는 포인트 완전정리

R&D 세액공제는 신청 단계보다 세무조사 단계에서 성패가 갈리는 제도입니다. 🛡️

같은 연구, 같은 비용이라도 어떤 기업은 공제를 지키고, 어떤 기업은 추징을 당합니다.

 

차이는 단 하나입니다.

“조사에 대비된 구조였는가”

 

이 글에서는 2026년 기준으로 R&D 세액공제가 세무조사에서 어떤 방식으로 검증되는지,

그리고 부인·감액을 막기 위한 실전 대응 전략을 정리합니다. 📘

 

 

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📌 세무조사에서 R&D 공제를 보는 흐름

조사는 보통 다음 순서로 진행됩니다.

✔ 연구 실체 확인
✔ 비용 적정성 검증
✔ 증빙 일관성 확인
✔ 공제 계산 검증

어느 하나라도 무너지면 공제 전체가 흔들릴 수 있습니다.

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🔍 1차 관문｜연구 실체 검증

조사관은 먼저 “이 회사가 실제로 연구를 했는가”를 봅니다.

✔ 연구 과제서
✔ 연구 보고서
✔ 연구 일정표
✔ 연구 결과물

이 네 가지가 연결돼 있어야 합니다.

형식만 갖춘 문서는 쉽게 무너집니다.

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🧾 2차 관문｜인건비 검증

가장 많이 깎이는 부분입니다.

✔ 참여 비율 근거 없음
✔ 대표·임원 급여 과다
✔ 일반 직원 연구 인력 포함

2026년 이후에는 급여와 연구 기록의 연결성이 핵심입니다.

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⚙️ 3차 관문｜외주·위탁 연구비 검증

✔ 계약서 구조
✔ 연구 목적 명시 여부
✔ 결과물 귀속

이 세 가지가 없으면 외주비는 거의 부인됩니다.

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📄 4차 관문｜증빙 일관성

연구 기록, 회계 장부, 신고서가 서로 맞아야 합니다.

하나라도 불일치하면 의심 대상이 됩니다.

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🛡️ 조사 대응의 핵심 전략

✔ 자료는 한 번에 정리
✔ 설명은 짧고 명확하게
✔ 감정 대응 금지

조사는 싸움이 아니라 검증 절차입니다.

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⚠️ 조사 중 절대 하면 안 되는 행동

✔ 즉석에서 자료 생성
✔ 근거 없는 주장
✔ 불필요한 추가 설명

이 세 가지만 피해도 리스크는 크게 줄어듭니다.

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📘 정리

R&D 세액공제는 신청보다 유지가 더 중요합니다.

유지의 핵심은 사후 대응이 아니라 사전 구조입니다.

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🔜 다음 글 예고

다음 글에서는 「R&D 세액공제 사후관리 기준｜몇 년까지 관리해야 하나?」를 다룹니다.

보관 기간과 관리 범위를 정리합니다. 📂

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📚 2026 R&D 세액공제 실무 가이드 전체 목차

① 2026 R&D 세액공제 완전정리｜중소기업·중견기업·대기업 차이 총정리
② R&D 세액공제 대상 비용 총정리｜인건비·외주비·재료비 인정 기준
③ 2026 국가전략기술 세액공제 확대 완전정리｜일반 R&D 공제와 차이점
④ AI·데이터 구매비도 R&D 세액공제 가능할까?｜2026 인정 기준 총정리
⑤ R&D 세액공제 추징 사례 총정리｜세무조사에서 가장 많이 걸리는 이유
⑥ 연구전담부서 vs 기업부설연구소 차이｜R&D 세액공제 설립 전략
⑦ R&D 외주·위탁 연구비 공제 기준｜인정되는 계약 구조 총정리
⑧ R&D 세액공제 신청 절차 총정리｜서류·신고·사후관리 한 번에
⑨ R&D 세액공제와 법인세 신고 연계 전략｜신고서 반영 방법
⑩ R&D 세액공제 중복 적용 가능할까?｜가능·불가능 조합 총정리
⑪ R&D 세액공제 세무조사 대응 전략｜부인·감액 막는 방법
⑫ R&D 세액공제 사후관리 기준｜보관 기간·자료 목록 총정리
⑬ R&D 세액공제 포기 vs 유지 판단 기준｜추징 리스크 계산법