R&D 세액공제 사후관리 기준｜보관 기간·자료 목록 총정리

R&D 세액공제 사후관리 기준｜몇 년까지 관리해야 하나?

R&D 세액공제는 신청하고 끝나는 제도가 아닙니다.

신청보다 더 중요한 것이 사후관리입니다. 📂

실무에서 추징이 발생하는 상당수는 공제를 받은 이후 관리 단계에서 문제가 생긴 경우입니다.

 

이 글에서는 2026년 기준으로 R&D 세액공제와 관련해

얼마나 오래, 무엇을, 어떻게 관리해야 하는지 구조적으로 정리합니다. 📘

 

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📌 R&D 세액공제 사후관리의 의미

사후관리란 공제를 받은 이후에도

연구 실체와 비용 적정성을 입증할 수 있도록 자료를 보관·관리하는 것을 의미합니다.

즉, 미래의 세무조사를 대비하는 과정입니다.

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🗓️ 기본 보관 기간

원칙적으로 세무 관련 자료는 5년 이상 보관해야 합니다.

다만 R&D 공제처럼 금액이 크고 추징 가능성이 있는 항목은 7~10년 보관을 권장합니다.

보관 기간은 공제 받은 연도 기준입니다.

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📂 반드시 보관해야 할 자료

✔ 연구 과제서
✔ 연구 보고서
✔ 연구 일정표
✔ 연구 결과물
✔ 인건비 자료
✔ 외주·위탁 계약서
✔ 세금계산서·증빙

이 자료들은 서로 연결돼 있어야 합니다.

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⚠️ 사후관리에서 자주 발생하는 문제

✔ 자료 분실
✔ 파일 형식 변경
✔ 담당자 퇴사

자료가 없으면 공제는 바로 무너집니다.

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🛡️ 안전한 관리 방법

✔ 전자파일 이중 백업
✔ 연도별 폴더 관리
✔ 담당자 지정

이 세 가지만 해도 리스크는 크게 줄어듭니다.

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📘 정리

R&D 세액공제는 받는 것보다 지키는 것이 더 어렵습니다.

사후관리는 선택이 아니라 필수입니다.

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🔜 다음 글 예고

다음 글에서는 「R&D 세액공제 포기 vs 유지 판단 기준｜추징 리스크 계산법」을 다룹니다.

공제를 계속 가져갈지 판단하는 기준을 정리합니다. ⚖️

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📚 2026 R&D 세액공제 실무 가이드 전체 목차

① 2026 R&D 세액공제 완전정리｜중소기업·중견기업·대기업 차이 총정리
② R&D 세액공제 대상 비용 총정리｜인건비·외주비·재료비 인정 기준
③ 2026 국가전략기술 세액공제 확대 완전정리｜일반 R&D 공제와 차이점
④ AI·데이터 구매비도 R&D 세액공제 가능할까?｜2026 인정 기준 총정리
⑤ R&D 세액공제 추징 사례 총정리｜세무조사에서 가장 많이 걸리는 이유
⑥ 연구전담부서 vs 기업부설연구소 차이｜R&D 세액공제 설립 전략
⑦ R&D 외주·위탁 연구비 공제 기준｜인정되는 계약 구조 총정리
⑧ R&D 세액공제 신청 절차 총정리｜서류·신고·사후관리 한 번에
⑨ R&D 세액공제와 법인세 신고 연계 전략｜신고서 반영 방법
⑩ R&D 세액공제 중복 적용 가능할까?｜가능·불가능 조합 총정리
⑪ R&D 세액공제 세무조사 대응 전략｜부인·감액 막는 방법
⑫ R&D 세액공제 사후관리 기준｜보관 기간·자료 목록 총정리
⑬ R&D 세액공제 포기 vs 유지 판단 기준｜추징 리스크 계산법